Bowmore wurde 1779 von John P. Simpson gegründet. Wie viele Brennereien wurde auch bei Bowmore damals noch Landwirtschaft betrieben. Simpson nannte die Brennerei Bowmore, was im Gälischen grosses Riff bedeutet. Nach seinem Tod ging die Brennerei in die Hände einer deutschen Familie namens Mutter über. Sie modernisierten die Produktion und kauften auch ein Dampfschiff, das die Brennerei mit importierter Gerste und Kohle versorgte.

Die deutsche Familie betrieb die Brennerei bis 1925, als man sie an J.B. Sheriff and Co. verkaufte.

Während des Zweiten Weltkrieges war die Brennerei geschlossen und das Royal Air Force Coastal Command residierte in den Gebäuden, um den Krieg gegen die deutschen U Boote zu koordinieren. 1951 wurde die Firma Bowmore Morrison gegründet. 1994 kaufte schliesslich der japanische Suntory Konzern Bowmore, dem die Brennerei auch noch heute gehört.